广州大学-屏东大学教育政策研究中心于2011年9月29日在广州大学成立。与此相对应，台湾屏东大学在此之前挂牌成立了"屏东大学-广州大学教育政策研究中心"。2013年10月30日，由广州市台办和广州大学共建的广州大学台湾研究院成立，教育政策研究中心成为台湾研究院下属的五个研究中心之一。

根据广州大学和屏东大学的协议，教育政策研究中心属于双方联合研究机构，其研究力量主要依托两校的教育学院、特别是教育行政研究所、高等教育研究所的教研人员和研究生，整合全校教育政策研究人员，以项目研究形式获得研究中心支持。

教育政策研究中心的主要职能是：互派教研人员交流、交换研究资料及网站建设、开展两岸教育政策比较教育、扩大政策研究服务的影响、发表研究成果、合作举办学术会议等。